Uno de los principales objetivos de la Fundación es gestionar de forma ágil y transparente los proyectos de investigación, tanto públicos como privados, concedidos a profesores de la UCM. Siguiendo las recomendaciones de la Cámara de Cuentas y de los auditores, en 2015 se completa la introducción de procedimientos de gestión claros y sencillos, que han sido consensuados con el Vicerrectorado de investigación. Dicha gestión se llevará a cabo en estrecha colaboración con la OTRI, el Vicerrectorado de Investigación y la Gerencia de la UCM.