El Máster comprende 60 créditos, incluyendo Materias Obligatorias, Materias Optativas y Trabajo Fin de Máster, que deben cursarse en un año: las Materias Obligatorias se cursarán durante el primer semestre (24 ECTS) y las Materias Optativas de especialización durante el 2º (18 ECTS). El Trabajo Fin de Máster se realizará fundamentalmente durante el segundo semestre.

El Módulo Fundamental, obligatorio de 24 créditos, está orientado a proporcionar una formación esencial y multidisciplinar en Microbiología y Parasitología, complementando los conocimientos adquiridos a nivel de Grado en estas materias y que posibilitará la selección y comprensión de las materias optativas del Módulo de Especialización. Está formado por cuatro asisgnaturas de 6 ECTS cada una, que se cursarán en el primer semestre. 

El Módulo de Especialización, con 24 ECTS ofetados de los que deben cursarse 18 ECTS, tiene como objeto proporcionar una formación más especializada en distintas áreas aplicadas de la Microbiología y la Parasitología, como son el ámbito sanitario, biotecnológico, ambiental y de calidad y seguridad. Se ofrecen 9 asignaturas de 6 o 3 ECTS, agrupadas en cuatro Itinerarios que incluyen asignaturas relacionadas,  todas ellas optativas. Los estudiantes pueden seleccionar cualquier asignatura de cualquier itinerario que sea de su interés, si bien es muy recomendable la agrupación de las asignaturas ofrecida en cada orientación.

El Trabajo Fin de Máster, obligatorio de 18 ECTS, asegurará la adquisición de las competencias generales del Máster, que implican una formación científica avanzada, junto con la iniciación en tareas de investigación y gestión en áreas de Microbiología o Parasitología. Este trabajo, obligatorio y experimental, podrá ser realizado en los Departamentos de la UCM responsables del Máster (Microbiología y Parasitología de la Facultad de Farmacia y Unidad Docente de Microbiología de la Facultad de Biología), o bien en otros departamentos y Facultades de la UCM o de otras Universidades. También podrá desarrollarse centros de I+D públicos o privados, según los convenios suscritos por la Universidad y dichos centros.