El Programa de Doctorado en Química Orgánica de la UCM se imparte en el Departamento de Química Orgánica de la Facultad de Ciencias Químicas.

Los estudios de Doctorado en Química Orgánica en la UCM cuentan con una larga y consolidada tradición académica e investigadora. El Programa de Doctorado en Química Orgánica se estableció en la Facultad de Ciencias Químicas conforme al RD 778/1998, y obtuvo la Mención de Calidad en la primera convocatoria del Ministerio de Educación (Orden Ministerial de 18 de noviembre de 2002), con la referencia MCD2003-00840, que fue prorrogada en los años posteriores hasta su extinción en 2006. Posteriormente, se adaptó al RD 1393/2007, manteniendo su denominación y estructura científica, y obtuvo la Mención hacia la Excelencia (referencia MEE2011-0052) por resolución de 6 de octubre de 2011 de la Secretaría General de Universidades. Esta distinción se mantuvo durante los cursos académicos 2011-2012, 2012-2013 y 2013-2014, con informes de seguimiento favorables emitidos por la ANECA. El actual Programa se implanto en el curso 2014-2015, conforme a la normativa reguladora del RD 99/2011, reemplazando a los programas anteriores. En el año 2022, la Fundación para el Conocimiento madri+d procedió a evaluar el Programa, emitiendo un informe favorable para la renovación del título el 13 de diciembre de 2022, lo que avala la calidad, continuidad y adecuación del programa a los estándares académicos y científicos actuales.

Actualmente, el Programa se rige por el RD 99/2011, de 28 de enero (BOE de 10 de febrero), modificado por el RD 576/2023, de 4 de julio (BOE de 18 de julio), así como por la normativa propia de la UCM sobre estudios de doctorado, aprobada por el Consejo de Gobierno el 29 de octubre de 2024 (BOUC de 9 de diciembre de 2024).

El objetivo principal del Programa consiste en completar la formación del alumno, mediante la adquisición de conocimientos sobre la Química Orgánica, en general, y las distintas subáreas relacionadas directamente con las líneas y grupos de investigación que conforman el programa. El programa ofrece una formación multidisciplinar en síntesis orgánica, química médica, química supramolecular, organometálica, química computacional y teórica, resonancia magnética nuclear, nanociencia y materiales, en grupos de reconocido prestigio internacional y nacional.  De ese modo, el Programa posibilita un perfeccionamiento y una cualificación para el desarrollo profesional, académico e investigador en cualquier Universidad, Institución nacional o internacional, o Empresa del sector que lo demande, incluidos los correspondientes Centros de I+D+i.