La presente invención se refiere a un procedimiento de doble inclusión de especímenes pluricelulares de dimensiones microscópicas (70-300 µm) que permite mantener la disposición espacial tridimensional de las muestras para, posteriormente, realizar estudios histológicos, inmunohistoquímicos y/o de localización de marcadores moleculares. El procedimiento incluye la preparación de la muestra mediante lavados con solución tamponada; la fijación de la muestra durante 10-15 minutos, a temperatura de 2-8º C; la deshidratación de la muestra con concentraciones crecientes de etanol durante 10-15 minutos cada una, a una temperatura de 2-8º C, la preinclusión en agar y la inclusión en parafina, prescindiendo de la centrifugación de la muestra en todas las etapas del procedimiento. Así mismo, la invención incluye un kit con los elementos necesarios para desarrollar el procedimiento descrito en la invención.