La presente invención se refiere a un método para detectar cepas productoras de microcistina y cepas no productoras de esta toxina dentro de poblaciones de Microcystis aeruginosa (Cyanobacteria), mediante la utilización de la lectina Aglutinina 1 de Ulex europaeus (UEA-1), de una sonda de marcaje de la lectina y de los medios necesarios para detectar la sonda. Así mismo la invención proporciona un kit para el reconocimiento de cepas productoras y no productoras de microcistina basado en el método descrito.