La presente invención se refiere a un método eficaz para afirmar con elevada fiabilidad que un ejemplar es de la raza de Lidia, para saber a qué casta, encaste o línea pertenece, y para conocer qué proporción de su genoma tiene origen en diferentes castas/encastes o líneas reconocidos en el Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia del RD 60/2001 del Ministerio del Interior y cuáles son éstos. El método comprende caracterizar en la muestra problema determinadas secuencias de ADN correspondientes a marcadores (microsatélites), comparar la fórmula genética obtenida con una base de datos específica y original, y calcular la probabilidad de asignación de cada muestra a cada población de referencia, o la proporción de representación en el genoma de la muestra problema de cada casta, encaste o línea.