La invención incluye el DNA que codifica el alergeno Sin a 3 de semillas de mostaza amarilla (Sinapis alba), reconocido por más del 30% de los pacientes alérgicos a esta fuente biológica. Asímismo, incluye dicho DNA recombinante clonado y expresado a partir de células hospedadoras eucariotas obteniéndose la proteína recombinante correctamente plegada y que mantiene propiedades inmunológicas equivalentes a las del alergeno natural. Por otro lado, la invención se refiere a un método de aislamiento y purificación del alergeno natural y a un metodo de purificación del alergeno recombinante. Tanto la proteína Sin a 3 purificada como la proteína recombinante, las proteínas homólogas, las formas modificadas derivadas de ellas, los fragmentos derivados que contengan al menos un epítopo alergénico, pueden ser empleadas en la elaboración de métodos de diagnóstico de alergias así como en la elaboración de sistemas de inmunoterapia.