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MECANISMOS GENETICOS DE LA EVOLUCIÓN, MEJORA Y CONSERVACIÓN DE LAS POBLACIONES

 


Líneas de investigación:

- Estudio teórico y experimental de la arquitectura genética poblacional de la eficacia biológica y los caracteres cuantitativos bajo la acción conjunta de mutación, selección natural y deriva genética: Composición de la varianza genética y naturaleza del lastre genético.

- Consecuencias de la reducción del censo poblacional sobre el  declive en eficacia, el lastre genético y los componentes genéticos de la varianza: Modelos teóricos, análisis mediante simulación y estudios experimentales.

- Aplicaciones en programas de mejora genética y de conservación y gestión de recursos naturales.

Área: Genética (2409)

 

 

Miembros del equipo:

- Carlos López-Fanjul de Argüelles (catedrático),

- Aurora García-Dorado García (catedrática),

- Araceli Gallego Cobos (profesora titular),

- Diego Bersabé García (doctorando con beca FPU),

- Eugénio López Cortegano (doctorando con beca FPU).

Departamento: Genética

Software Desarrollado

 PURGd analiza datos de eficacia biológica u otros caracteres (habitualmente componentes principales de la eficacia) en individuos con registro genealógico. Este programa estima los parámetros genéticos que caracterizan la depresión consanguínea en presencia de purga, tal como se describe en García-Dorado, A.,Wang, J. and López-Cortegano, E. (2016) Predictive model and software for inbreeding-purging analysis of pedigreed populations. Unpublished. El paquete incluye una versión Linux y otra Windows del programa, datos de prueba y un manual de usuario. 

 PURGd_1.0.0.zip

MDGD busca estimas de Mínima Distancia para los parámetros mutacionales utilizando datos de Acumulación de Mutaciones. Es una versión mejorada por Aurora García-Dorado de un programa previo desarrollado por Aurora García-Dorado y Juan Miguel Marín. El modelo y los métodos se describen en:

García-Dorado, A. (1997). The rate and effects distribution of viability mutation in Drosophila: minimum distance estimation. Evolution, 1130-1139.

García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

García-Dorado, A., & Gallego, A. (2003). Comparing analysis methods for mutation-accumulation data: a simulation study. Genetics, 164(2), 807-819.

 El paquete incluye una versión Linux y otra Windows del programa, datos de prueba, un archivo “readme” y un programa auxiliar que guía al usuario en la preparación de los parámetros con que se ejecutará el programa principal

Si USA ESTE PROGRAMA CITE:

García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

  MDGD.zip

 

Developed Software:

PURGd analyzes data for fitness or other traits (usually fitness components) measured in pedigreed individuals. It estimates inbreeding and purging genetic parameters as described in  García-Dorado, A.,Wang, J. and López-Cortegano, E. (2016) Predictive model and software for inbreeding-purging analysis of pedigreed populations. Unpublished.

The package includes Linux and Windows versions of the software, example data and a user manual.

PURGd_1.0.0.zip

 

MDGD searches Minimum Distance estimates for mutational parameter using Mutation Accumulation Data. It is a version improved by Aurora García-Dorado of a previous program by Aurora García-Dorado and Juan Miguel Marín. The model and methods are described in:

García-Dorado, A. (1997). The rate and effects distribution of viability mutation in Drosophila: minimum distance estimation. Evolution, 1130-1139.

García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

García-Dorado, A., & Gallego, A. (2003). Comparing analysis methods for mutation-accumulation data: a simulation study. Genetics, 164(2), 807-819.

 The package includes Linux and Windows versions of the software, example data, a readme file and an auxiliary program that guides the user preparing input parameter to run the main program.

 IF YOU USE THIS PROGRAM CITE:

García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

  MDGD.zip

 

Publicaciones de los últimos años en revistas del JCR:

BERSABÉ, D., CABALLERO,  A., PÉREZ-FIGUEROA, A. y GARCÍA-DORADO, A. 2015. On the Consequences of Purging and Linkage on Fitness and Genetic Diversity. G3  doi:10.1534/g3.115.023184

GARCÍA-DORADO, A. 2015. On the consequences of ignoring purging on genetic recommendations for minimum viable population rules. Heredity. 115, 185–187

ÁVILA, V., PÉREZ-FIGUEROA, A., CABALLERO, A., HILL, W. G., GARCÍA-DORADO, A. y LÓPEZ-FANJUL, C. 2014. The action of stabilizing selection, mutation and drift on epistatic quantitative traits. Evolution 68(7), 1974-1987.

CABALLERO A. y A. GARCÍA-DORADO. 2013. Allelic Diversity and Its Implications for the Rate of Adaptation. Genetics 195, 1373 –1384

Bersabé, D. y A. García-Dorado. 2013. On the genetic parameter determining the efficiency of purging: an estimate for Drosophila egg-to-pupae viability. Journal of Evolutionary Biology 26: 375-85 (doi: 10.1111/jeb.12054)

García-Dorado, A. 2012. Understanding and Predicting the Fitness Declineof Shrunk Populations: Inbreeding, Purging, Mutation, and Standard Selection. Genetics 190:1461-1476

López-Fanjul, C. y A. García-Dorado. 2011. Population Genetics of Mutations. The fuel of evolution.Heredity  106: 535–536; ( doi:10.1038/hdy.2010.110)

Sánchez-Molano, E. y A. García-Dorado. 2011. The consequences on fitness of equating family contributions: inferences from a Drosophila experiment. Conservation Genetics 12:343-353. (doi 10.1007/s10592-010-0143-3)

LÓPEZ-FANJUL, C. 2010. The action of evolutionary forces on metric traits. Advances in Animal Biosciences 3, 532-537.

ÁVILA, V., C. AMADOR, y A. GARCÍA-DORADO. 2010. The purge of genetic load through restricted panmixia in a drosophila experiment. Journal of Evolutionary Biology 23: 1937-1946

AMADOR, C., A. GARCÍA-DORADO, D. BERSABÉ y C. LÓPEZ-FANJUL. 2010. Regeneration of the variance of metric traits by spontaneous mutation in a drosophila population.Genetics Research 92:91-102.

Seleccionado por la revista como uno de los diez artículos más relevantes publicados en ella en los últimos 50 años.

PÉREZ-FIGUEROA, A., A. CABALLERO, A. GARCÍA-DORADO y C. LÓPEZ-FANJUL. 2009. The action of purifying selection, mutation and drift on fitness epistatic systems. Genetics 183:299-313.

GARCÍA-DORADO, A. 2008. A simple method to account for natural selection when predicting inbreeding depression. Genetics 180:1559-1566.

PAPACEIT M., V. ÁVILA, M. AGUADÉ y A. GARCÍA-DORADO.  2007. The dynamics of the roo transposable element in mutation accumulation lines and segregating populations of Drosophila melanogaster. Genetics 177:511-522.

GARCÍA-DORADO, A. 2007. Shortcut predictions for fitness properties at the MSD balance and for its build-up after size reduction under different management strategies. Genetics 176: 983-997.

GARCÍA-DORADO, A.,  V. ÁVILA, E. SÁNCHEZ-MOLANO, A. MANRIQUE y C. LÓPEZ-FANJUL. 2007. The build up of mutation-selection-drift balance in laboratory Drosophila populations. Evolution  61: 653:665

LÓPEZ-FANJUL, C., FERNÁNDEZ, A. y M. A. TORO. 2007. The effect of dominance on the use of the Qst _ Fst contrast to detect natural selection on quantitative traits. Genetics 176:725-727.

 

Capítulos de libros y otras publicaciones

LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. La evolución del darwinismo. En López-Fanjul, C. (coord.) El alcance del darwinismo. A los 150 años de “El Origen de las Especies, págs. 12 – 35 (www.colegiodeemeritos.es), Colegio Libre de Eméritos, Madrid, 2009.

LÓPEZ-FANJUL, C., CASTRO, L. y M. A. TORO. 2009. Darwinismo: aplicaciones y devociones. Revista de Libros 156, 32-38.

LÓPEZ-FANJUL, C. y M. A. TORO. 2007. Fundamentos de la mejora genética en acuicultura. En Martínez, P. y Figueras, A. (coord.) Genética y genómica en acuicultura, págs. 157-181, Editorial C. S. I. C., Madrid.

TORO, M. A. y C. LÓPEZ-FANJUL. 2007. Diseño de programas de mejora genética en acuicultura. En Martínez, P. y Figueras, A. (coord.) Genética y genómica en acuicultura, págs. 185-211, Editorial C. S. I. C., Madrid.

GALLEGO COBOS, A. 2012. Genética. Conceptos esenciales. Cap. 24. Genética Cuantitativa.  Coord. BENITO, C. Y ESPINO, F. J. Ed. Panamericana. ISBN: 978-84-9835-407-2.  

 

Libros

LÓPEZ-FANJUL, C. (coord.) 2009. El alcance del darwinismo. A los 150 años de “El Origen de las Especies (www.colegiodeemeritos.es). Colegio Libre de Eméritos, Madrid.

 

Críticas de libros

LÓPEZ-FANJUL, C.  2015. Genes  de raza. Revista de Libros, junio 8 pp. .

LÓPEZ-FANJUL, C.  2014. La especie accidental. Revista de Libros, diciembre 10 pp.

LÓPEZ-FANJUL, C.  2013. Prometeo desencadenado. Revista de Libros, 185, 10 pp.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2013. Del enjambre a la tribu. Revista de Libros, 185: 10 pp.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2011. Darwin y su círculo. Revista de Libros, 169: 27-29

LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. Raros y curiosos. Revista de Libros, 146: 34-35.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. A vueltas con Darwin. Revista de Libros, 153: 3-6.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2008. Sexo y tamaño. Revista de Libros, 141: 3-5.

LÓPEZ-FANJUL, C. 2007. Metafísica china. Revista de Libros,124: 33-34.