Unidades docentes

Genetic mechanisms of evolution, animal breeding and biodiversity conservation.

Research interest 

  • Theoretical and experimental study of the genetic architecture of fitness and quantitative traits under the joint action of mutation, natural selection and genetic drift: Composition of genetic variance and nature of genetic load.

  • Consequences of the reduction of the population census on the decline in fitness, the genetic load and the genetic components of the variance: Theoretical models, simulation analysis and experimental studies.

  • Applications to Conservation and Evolutionary Biology.

 

Members: 

 

Developed Software

  • PURGd (version 2.3.2) analyzes data for fitness or other traits (usually fitness components) measured in pedigreed individuals. It estimates the genetic parameters that characterize inbreeding depression taking purging into account according to the Inbreeding-Purging model (García-Dorado 2012), as described in  García-Dorado, A.,Wang, J. and López-Cortegano, E. (2016)The package includes Linux and Windows versions of the software and example data. It also includes a user manual actualize in October 2022 with warnings on detected bugs affecting the PURGd v.2.3.2 output (and its possible implementations in other packages) as well as a patch to solve them.

  IF YOU USE THIS PROGRAM CITE:
 - García-Dorado, A, J. Wang and E. López-Cortegano. 2016. Predictive model and software for inbreeding-purging analysis of pedigreed populations. Genes, Genomes   and Genetics. 6(11), 3593-3601.

 

- PURGd v2.3.2.zip -

 

 

  • MDGD searches Minimum Distance estimates for mutational parameter using Mutation Accumulation Data. It is a version improved by Aurora García-Dorado of a previous program by Aurora García-Dorado and Juan Miguel Marín. The model and methods are described in:

- García-Dorado, A. (1997). The rate and effects distribution of viability mutation in Drosophila: minimum distance estimation. Evolution, 1130-1139.

- García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

- García-Dorado, A., & Gallego, A. (2003). Comparing analysis methods for mutation-accumulation data: a simulation study. Genetics164(2), 807-819.

The package includes Linux and Windows versions of the software, example data, a readme file and an auxiliary program that guides the user preparing input parameter to run the main program.

 IF YOU USE THIS PROGRAM CITE:

- García-Dorado, A., & Marin, J. M. (1998). Minimum distance estimation of mutational parameters for quantitative traits. Biometrics, 1097-1114.

 

- MDGD.zip -

 

 

Publications in JCR journals in recent years

  • García-Dorado A & Hedrick, P. (2022) Some hope and many concerns on the future of the vaquita. Heredity doi.org/10.1038/s41437-022-00573-7

  • Pérez-Pereira, N., López-Cortegano E., García-Dorado A. and A. Caballero. (2022) Prediction of fitness under different breeding designs in conservation programs. Animal Conservation DOI: 10.1111/acv.12804

  • CABALLERO, A., WANG, J. y LÓPEZ-FANJUL, C. (2022). Obituary in memoriam of professor William G. (Bill) Hill. Heredity, 128: 77-78

  • Kleinman-Ruiz D*, Lucena-Perez M, Villanueva B, Fernández J, Saveljev A, Ratkiewicz M, Schmidt K, Galtier N, García-Dorado A*, Godoy J* (2022). Purging of deleterious burden in the endangered Iberian lynx. PNAS, 119(11) p. e2110614119 (*autores de correspondencia)

  • Pérez-Pereira, N., Caballero, A., & García-Dorado, A. (2021). Reviewing the consequences of genetic purging on the success of rescue programs. Conservation Genetics. doi.org/10.1007/s10592-021-01405-7.

  • Pérez-Pereira, N., Pouso, R., Rus, A., Vilas, A., López-Cortegano, E., García-Dorado, A., H Quesada & Caballero, A. (2021). Long-term exhaustion of the inbreeding load in Drosophila melanogaster. Heredity, 127, 373-383.

  • García-Dorado, A., & Caballero, A. (2021). Neutral genetic diversity as a useful tool for conservation biology. Conservation Genetics, 22, 541-545.

  • López-Cortegano, E., Moreno, E., & García-Dorado, A. (2021). Genetic purging in captive endangered ungulates with extremely low effective population sizes. Heredity, 127, 433-442.

  • López-Cortegano, E., Bersabé, D. Wang, J. and García-Dorado, A. 2018. Detection of genetic purging and predictive value of purging parameters estimated in pedigreed populations. Heredity (en prensa)

  • García-Dorado, A. 2017. An explicit model for the inbreeding load in the evolutionary analysis of selfing. Evolution 71(5): 1381–1389.

  • Hedrick, P. and A. García-Dorado. 2016. Understanding Inbreeding Depression, Purging, and Genetic Rescue. Trends in Ecology and Evolution. Vol. 31, No. 12: 940-952.

  • García-Dorado, A, J. Wang and E. López-Cortegano.2016 Predictive model and software for inbreeding-purging analysis of pedigreed populations. Genes, Genomes and Genetics. 6(11), 3593-3601.

  • López-Cortegano, E. Vilas, A., Caballero, A. y García-Dorado, A. 2016. Estimation of genetic purging under competitive conditions. Evolution, 70(8), 1856-1870.

  • BERSABÉ, D., CABALLERO,  A., PÉREZ-FIGUEROA, A. y GARCÍA-DORADO, A. 2015. On the Consequences of Purging and Linkage on Fitness and Genetic Diversity. G3  doi:10.1534/g3.115.023184

  • GARCÍA-DORADO, A. 2015. On the consequences of ignoring purging on genetic recommendations for minimum viable population rules. Heredity. 115, 185–187

  • ÁVILA, V., PÉREZ-FIGUEROA, A., CABALLERO, A., HILL, W. G., GARCÍA-DORADO, A. y LÓPEZ-FANJUL, C. 2014. The action of stabilizing selection, mutation and drift on epistatic quantitative traits. Evolution 68(7), 1974-1987.

  • CABALLERO A. y A. GARCÍA-DORADO. 2013. Allelic Diversity and Its Implications for the Rate of Adaptation. Genetics 195, 1373 –1384

  • Bersabé, D. y A. García-Dorado. 2013. On the genetic parameter determining the efficiency of purging: an estimate for Drosophila egg-to-pupae viability. Journal of Evolutionary Biology 26: 375-85 (doi: 10.1111/jeb.12054)

  • García-Dorado, A. 2012. Understanding and Predicting the Fitness Declineof Shrunk Populations: Inbreeding, Purging, Mutation, and Standard Selection. Genetics 190:1461-1476

  • López-Fanjul, C. y A. García-Dorado. 2011. Population Genetics of Mutations. The fuel of evolution.Heredity  106: 535–536; ( doi:10.1038/hdy.2010.110)

  • Sánchez-Molano, E. y A. García-Dorado. 2011. The consequences on fitness of equating family contributions: inferences from a Drosophila experiment. Conservation Genetics 12:343-353. (doi 10.1007/s10592-010-0143-3)

  • LÓPEZ-FANJUL, C. 2010. The action of evolutionary forces on metric traits. Advances in Animal Biosciences 3, 532-537.

  • ÁVILA, V., C. AMADOR, y A. GARCÍA-DORADO. 2010. The purge of genetic load through restricted panmixia in a drosophila experimentJournal of Evolutionary Biology 23: 1937-1946

  • AMADOR, C., A. GARCÍA-DORADO, D. BERSABÉ y C. LÓPEZ-FANJUL. 2010. Regeneration of the variance of metric traits by spontaneous mutation in a drosophila population.Genetics Research 92:91-102. 

  • Seleccionado por la revista como uno de los diez artículos más relevantes publicados en ella en los últimos 50 años.

  • PÉREZ-FIGUEROA, A., A. CABALLERO, A. GARCÍA-DORADO y C. LÓPEZ-FANJUL. 2009. The action of purifying selection, mutation and drift on fitness epistatic systems. Genetics 183:299-313.

  • GARCÍA-DORADO, A. 2008. A simple method to account for natural selection when predicting inbreeding depressionGenetics 180:1559-1566.

  • PAPACEIT M., V. ÁVILA, M. AGUADÉ y A. GARCÍA-DORADO.  2007. The dynamics of the roo transposable element in mutation accumulation lines and segregating populations of Drosophila melanogaster. Genetics 177:511-522.

  • GARCÍA-DORADO, A. 2007. Shortcut predictions for fitness properties at the MSD balance and for its build-up after size reduction under different management strategies. Genetics 176: 983-997.

  • GARCÍA-DORADO, A.,  V. ÁVILA, E. SÁNCHEZ-MOLANO, A. MANRIQUE y C. LÓPEZ-FANJUL. 2007. The build up of mutation-selection-drift balance in laboratory Drosophila populations. Evolution  61: 653:665

  • LÓPEZ-FANJUL, C., FERNÁNDEZ, A. y M. A. TORO. 2007. The effect of dominance on the use of the Qst _ Fst contrast to detect natural selection on quantitative traits.Genetics 176:725-727.

 

Book chapters and other publications

  • LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. La evolución del darwinismo. En López-Fanjul, C. (coord.) El alcance del darwinismo. A los 150 años de “El Origen de las Especies, págs. 12 – 35 (www.colegiodeemeritos.es), Colegio Libre de Eméritos, Madrid, 2009.

  • LÓPEZ-FANJUL, C., CASTRO, L. y M. A. TORO. 2009. Darwinismo: aplicaciones y devociones. Revista de Libros 156, 32-38.

  • LÓPEZ-FANJUL, C. y M. A. TORO. 2007. Fundamentos de la mejora genética en acuicultura. En Martínez, P. y Figueras, A. (coord.) Genética y genómica en acuicultura, págs. 157-181, Editorial C. S. I. C., Madrid. 

  • TORO, M. A. y C. LÓPEZ-FANJUL. 2007. Diseño de programas de mejora genética en acuicultura. En Martínez, P. y Figueras, A. (coord.) Genética y genómica en acuicultura, págs. 185-211, Editorial C. S. I. C., Madrid.

  • GALLEGO COBOS, A. 2012. Genética. Conceptos esenciales. Cap. 24. Genética Cuantitativa.  Coord. BENITO, C. Y ESPINO, F. J. Ed. Panamericana. ISBN: 978-84-9835-407-2.  

 

Books

  • LÓPEZ-FANJUL, C. (coord.) 2009. El alcance del darwinismo. A los 150 años de “El Origen de las Especies (www.colegiodeemeritos.es). Colegio Libre de Eméritos, Madrid. 

 

Book reviews

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2022. La indeseable supervivencia del más apto, Revista de Libros, mayo 2022

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2022. Razas, racismo y genética, Revista de Libros, febrero 2022

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2021. Evolución en asfalto, Revista de Libros, febrero 2021

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2019. La genealogía del Homo sapiens, Revista de Libros, febrero 2019

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2018. El dictador benévolo,. Revista de Libros, febrero 2018

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2018. ¿Qué está en nuestro ADN?, Revista de Libros, septiembre 2018

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2017. La historia de los humanos contada por su genoma, Revista de Libros, diciembre 2017,

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2017. El retorno del gen egoísta, Revista de Libros, julio 2017

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2017. El escurridizo gen, Revista de Libros, febrero 2017

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2016. A vueltas con Lamarck, Revista de Libros, octubre 2016

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2016. Del neodarwinismo al neoliberalismo, Revista de Libros, marzo 2016

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2015. Genes  de raza. Revista de Libros, junio 8 pp. .

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2014. La especie accidental. Revista de Libros, diciembre 10 pp.

  • LÓPEZ-FANJUL, C.  2013. Prometeo desencadenado. Revista de Libros, 185, 10 pp.

  • LÓPEZ-FANJUL, C. 2013. Del enjambre a la tribu. Revista de Libros, 185: 10 pp. 

  • LÓPEZ-FANJUL, C. 2011. Darwin y su círculo. Revista de Libros, 169: 27-29

  • LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. Raros y curiosos. Revista de Libros, 146: 34-35.

  • LÓPEZ-FANJUL, C. 2009. A vueltas con Darwin. Revista de Libros, 153: 3-6.

  • LÓPEZ-FANJUL, C. 2008. Sexo y tamaño. Revista de Libros, 141: 3-5.

  • LÓPEZ-FANJUL, C. 2007. Metafísica china. Revista de Libros,124: 33-34.