Descripción de los fondos:

El museo en la actualidad está constituido fundamentalmente por:

• La colección de esculturas en cera policromada de finales del siglo XVIII, pertenecientes a la escuela italiana (atribuidos a Chaez y Franceschi, este último discípulo de Fontana), entre las que destacan las relacionadas con la gestación y el parto. Mención especial merece, por su impacto artístico y visual, la escultura sedente en cera de una embarazada a término.
• La colección de esculturas en escayola policromada, la más numerosa del museo, que hacen referencia a diferentes regiones del cuerpo humano y en algún caso a técnicas quirúrgicas. Mayoritariamente realizadas en el siglo XIX por José Díaz Benito y Cesáreo Fernández Losada (1831-1911).
• Las colecciones óseas de diferentes etapas de la vida prenatal y postnatal, entre las que destacan más de mil cráneos de la denominada “Colección Olóriz”, de carácter antropológico, y la presencia de dos esqueletos perfectamente conservados, uno denominado “gigante extremeño” y otro perteneciente a un granadero francés de la guerra de la independencia, ambos aportados al Museo por Pedro González de Velasco.
• También se pueden apreciar representaciones en cartón piedra, diferentes tipos de láminas anatómicas, preparaciones momificadas o semiartificiales de regiones anatómicas y diferentes modelos anatómicos para el estudio del cuerpo humano.
• Además entre los fondos del museo se encuentran las primitivas mesas de disección del gran anfiteatro del Colegio de Cirugía de San Carlos, algunas labradas con el nombre del profesor que disecó en ellas y distinto material accesorio de aquella época, como el carro de transporte de cadáveres a las aulas para explicar en ellas sobre un cadáver disecado. 

Historia del museo:

El museo de Anatomía “Javier Puerta” de la Universidad Complutense de Madrid surge en el seno del Real Colegio de Cirugía de San Carlos, creado por Real Cédula  en 1787 por Carlos III, siendo su primer director Antonio de Gimbernat y Arbós (1734-1816) como director del Real Colegio. En el informe emitido por Dr. Gimbernat  en diciembre de 1794, se hace referencia al encargo real de la realización de las esculturas en cera policromada, que ya se encuentran muy avanzadas, así como a los principales motivos de la realización de las esculturas: Para que se multiplique la instrucción, y entre por los ojos la Anatomía, que es la primera base chirurgica, ….. por cuyo medio puede aprenderse y repasarse la Anatomía, aun en las estaciones del año que imposibilitan la disección."

Para la realización de las primeras figuras del gabinete se contó con la dirección de Ignacio Lacaba y Vila (1745-1814), primero como encargado de disección  y luego como catedrático de Anatomía, bajo cuya dirección trabajaron los escultores Juan Chaez (escultor de la corte) y el italiano Luigi Franceschi (discípulo de Felice Fontana,1730-1805, en el Museo de la Specola de Florencia), especializados en hacer figuras de cera y a quienes se atribuye la figura en cera de una embarazada a término que existe en el museo. A esta figura es la que se refiere Lacaba en su "Curso completo de Anatomía del Cuerpo Humano", publicado con Jaime Bonells en 1796, en este tratado viene descrita la técnica de la realización de las figuras en cera.

El nombramiento de Pedro González de Velasco (1815-1882)como director del Museo Anatómico en 1857 hizo que el museo alcanzase su época de mayor esplendor, pues no solo se restauraron las figuras de cera sino que se produjeron piezas naturales procedentes de la sala de disección, así como también se conformó una excelente osteoteca. De esta época existen dos esqueletos perfectamente conservados, uno denominado el gigante extremeño, de quien se dice que Velasco le compró en vida el esqueleto y el de un granadero francés muerto posiblemente por una intoxicación de sales mercuriales cuyos restos impregnan el esqueleto.

En 1876 y bajo el Decanato de Julián Calleja Sánchez (1836-1913), catedrático de Anatomía, se abren, de forma gratuita, los museos a los estudiantes de la facultad. De hecho, Calleja en su informe del año 1876 describe pormenorizadamente la organización del Gabinete y del Museo Anatómico.

En 1885, Federico Olóriz Aguilera (1855-1912) funda el Museo Antropológico de la Facultad de Medicina, donde deposita su colección de cráneos que había iniciado en 1884 con 14 piezas y que llego a contar con 2250 ejemplares, la mayoría de estos cráneos tenían su filiación escrita en el cráneo y los datos más sobresalientes en una ficha en la que se hacia constar todos los datos pertinentes. Este museo fue instalado en 1893 en el antiguo salón de actos de la Facultad por Calleja. Los cráneos de este museo según las informaciones recogidas fueron fragmentados en tres partes, cuando la Facultad de Medicina se traslada a la Ciudad Universitaria, repartiéndose de forma desigual entre las dos cátedras de Anatomía y la de Medicina Legal y Forense.

Con posterioridad han sido muchos los anatómicos que han contribuido al engrandecimiento del mismo Así,  Julián de la Villa y Sanz(1881-1970) amplía el Museo fundamentalmente en la sección de osteoteca, no sólo humana, sino también animal; Pedro Ara y Sarría(1891-1973) dejó algunas disecciones del sistema de conducción cardiaco; Daniel Mezquita Moreno, catedrático en Madrid a partir de 1951, trabajó fundamentalmente en reproducciones de huesos, tanto en escayola, como en madera, así como en reproducciones de algunas regiones anatómicas; el eminente embriólogo Francisco Orts Llorca (1905-1993) dejó disecciones de diferentes Nervios Craneales; Luís Gómez Oliveros preparaciones de panorganografía (corazón, laringe, etc.) y de corrosiones vasculares de órganos y fetos. 

En los últimos años, el futuro del museo hubiera sido muy incierto de no mediar la abnegada labor y el esfuerzo constante, aunque no siempre correspondido, de su Director y Catedrático de Anatomía y Embriología Humana el Prof. Javier Puerta Fonollá (1949-2004), quien hasta su imprevisto fallecimiento mantuvo la ilusión por conseguir que el estado del museo estuviera a la altura de sus fondos.