Está formada por estudiantes, profesores permanentes, profesores no permanentes y miembros del PAS (personal de administración y servicios) que son elegidos por sus todos los miembros de la Facultad, en votaciones por sectores (estudiantes eligen estudiantes, PAS elige PAS, etc). Además, forma parte de la Junta de Facultad el gerente, el director de la biblioteca, el decano y los vicedecanos que éste designe. Los estudiantes somos el 25% en las Juntas de Facultad y al contrario que PDI y PAS, nuestros cargos se renuevan cada dos años.
La función de las Juntas es, en general, dirigir la actividad de la facultad: elaborar el presupuesto en función de la asignación de la UCM, elegir a su decano o decana, organizar las enseñanzas, proponer y modificar planes de estudios, establecer el calendario de exámenes, etc. Una descripción completa de las funciones de las Juntas de Facultad se puede encontrar en el artículo 56 de los estatutos de la UCM
Las Juntas delegan algunas de sus competencias en comisiones, que son grupos más pequeños, con representación de los distintos sectores, donde es más fácil trabajar. Las decisiones de las comisiones han de ser refrendadas por la Junta de Facultad.
A nivel de toda la Universidad, el mayor órgano de representación de la comunidad es el Claustro. En él están presentes miembros de todos los sectores (estudiantes, PAS, PDI) que han sido elegidos, en sus facultades, por los miembros de sus respectivos sectores. El número de claustrales que envía cada facultad depende de su tamaño, pero como mínimo cada facultad elige un estudiante y el 25% de los miembros del Claustro han de ser estudiantes, cargo que se ocupa durante dos años.
En el Claustro se debate sobre el informe del estado de la Universidad elaborado por el Rector, se lanzan propuestas de funcionamiento, se elaboran los estautos y reglamentos, se elige al defensor universitario, etc. El resto de funciones del Claustro se puede leer aquí (artículo 39 de los estatutos de la UCM). El Claustro puede crear comisiones donde delega algunas de sus funciones para conseguir un trabajo más ágil. Actualmente, existen la Comisión de Estatutos (revisa periódicamente los estatutos para adaptarlos a la legislación vigente y recoge modificaciones propuestas por sus miembros) y de Reglamentos (que regula el régimen de funcionamiento de procesos de la UCM que ahondan en los estatutos, como las elecciones, el funcionamiento de la biblioteca, los centros, el estatuto del estudiante, etc.)
Es el órgano que dirige el día a día de la Universidad: aprueba presupuestos, convenios de colaboración, aprueba planes de estudio, crea o suprimer Colegios Mayores o centros, y otras tantas reguladas por el artículo 48 de los estatutos de la UCM.
Los miembros del Claustro eligen, entre ellos, a los que formarán el Consejo de Gobierno. Además de los miembros elegidos del Claustro, también lo componen el Rector, los vicerrectores, el gerente y el secretario general , los decanos y algunos directores de departamento, escogidos por voto de todos los directores. También forman parte de él el Presidente del Consejo Social y otros dos miembros de éste que no sean parte de la comunidad educativa. Son cinco los estudiantes que participan en este órgano, renovándose su cargo cada dos años.
El Consejo Social es el órgano de participación de la sociedad en la Universidad. A excepción del Rector, el Secretario General y el Gerente de la Universidad, y un profesor doctor, un estudiante y un representante del PAS, elegidos por el Consejo de Gobierno de entre sus miembros; formarán parte de este órgano representantes de las empresas con mayor representación en la Comunidad autónoma, de los sindicatos con mayor implantación, del Ayuntamiento de Madrid, de fundaciones o empresas que tengan suscritos convenios con la UCM y personas de reconocido prestigio en los ámbitos científico, cultural, artístico o tecnológico.
Son funciones del Consejo Social refrendar algunas de las actividades del Consejo de Gobierno, como los presupuestos, la creación o supresión de centros, la permanencia de estudiantes y demás establecidos en el artículo 44 de los estatutos.