El objetivo fundamental del Seminario era ofrecer una visión global y presentar una plataforma de análisis y discusión científica sobre la proyección socioeconómica y las relaciones de poder de la Iglesia en los reinos cristianos de la Península Ibérica durante la Edad Media, centrando el foco del análisis en las relaciones del clero con el estamento nobiliario y con los diferentes grupos de poder urbano. Así, mientras que las relaciones de la Iglesia con la Monarquía constituyen un ámbito de investigación que ha tenido un desarrollo historiográfico mucho mayor durante las últimas décadas en el medievalismo español y portugués, en cambio las relaciones de la Iglesia con la nobleza y con las oligarquías y poderes urbanos, a pesar de tratarse de una cuestión fundamental para entender en su máxima dimensión la proyección socioeconómica y política de la Iglesia medieval, todavía no han sido estudiadas con la atención que merecen.

Así, entre los numerosos temas que al respecto se analizaron destacan los siguientes: incorporación de miembros de la nobleza al clero; conflictos decimales con la nobleza; patronato y mecenazgo nobiliario sobre la Iglesia; las “iglesias propias”; fundación de capellanías; conflictos jurisdiccionales con la nobleza y los concejos; conflictos económicos del clero urbano con los concejos; la encomienda monástica; clero y nobleza en los conflictos políticos; el clero en las luchas de bandos y conflictos urbanos; clero, guerra y violencia; devociones religiosas de la nobleza y las oligarquías urbanas, etc.