
El origen de la Universidad Complutense de Madrid se remonta a finales del siglo XIII, cuando el rey Sancho IV de Castilla otorgó licencia, en la primavera de 1293, al arzobispo de Toledo, Gonzalo García Gudiel, para crear un Studium Generale, en la ciudad de Alcalá de Henares.
Francisco Jiménez de Cisneros, cardenal-arzobispo de Toledo, regente de Castilla, antiguo alumno del Estudio General, estableció a partir de éste la Complutensis Universitas (Universidad Complutense o Cisneriana) mediante bula pontificia, concedida por el papa Alejandro VII, el 13 de abril de 1499. Cisneros dotó a la nueva universidad con un vasto patrimonio de propiedades rústicas y urbanas, con el fin sostener su actividad.
El edificio principal de la Universidad Cisneriana fue el Colegio Mayor de San Ildefonso. En enero de 1510 Cisneros promulgó las Constituciones del Colegio Mayor San Ildefonso, normativa reguladora de todos los asuntos de la comunidad universitaria, donde se especificaban los derechos y deberes de sus miembros.
Al Colegio Mayor de San Ildefonso le acompañaron diversos colegios menores, fundados también por Cisneros: el Colegio de San Pedro y San Pablo, vinculado a la orden franciscana, a la que pertenecía Cisneros; el Colegio de la Madre de Dios, posteriormente conocido como Colegio de los Teólogos, en donde se impartieron estudios de Teología y Medicina; el Colegio de Santa Catalina ode los Artistas o de los Físicos; el Colegio de Santa Balbina, también denominado de los Lógicos, donde se cursaban los primeros cursos de Artes; y los Colegios de San Eugenio y de San Isidoro, que en el siglo XVII se refundieron en el Colegio de San Ambrosio, popularmente de los Gramáticos, por ser donde se estudiaban las lenguas latina y griega. A partir del segundo cuarto del siglo XVI se fundaron nuevos colegios menores, hasta alcanzar la treintena, vinculados a órdenes religiosas, estamentos militares, el poder real e, incluso, de origen privado.
Los estudios se inauguraron en octubre de 1508. En el curso 1509–1510 estaban en funcionamiento cinco facultades: Artes y Filosofía, Teología, Derecho Canónico, Letras y Medicina. Cisneros concibió la universidad bajo el pensamiento renacentista, influido por los ideales del Humanismo frente a la vieja concepción de las universidades de origen medieval. La Universidad Cisneriana, mediante la formación de eclesiásticos que recuperasen los valores de la espiritualidad perdidos durante el medievo, se ajustaba a los parámetros del movimiento reformista encarnado por la orden franciscana, y buscaba la reconciliación de la Teología con los principios de la antigüedad clásica. Otra misión de la Universidad Complutense se centraba en la formación de letrados y teólogos al servicio de las estructuras de la monarquía hispana, precisos para formar individuos capaces de dirigir su, cada vez más complejo, entramado administrativo.
El prestigio de sus estudios, así como de sus maestros, la convirtió en el modelo sobre el que se constituyeron las nuevas universidades de la América hispana. Su época de esplendor se mantuvo hasta el siglo XVII, cuando comenzó su decadencia, como consecuencia de los efectos de la Contrarreforma. Hasta entonces fue el principal foco del pensamiento humanista de la monarquía hispana.
Esta decadencia trató de ser superada, sin éxito, por las reformas de la Ilustración. La enseñanza superior, hasta bien entrado el siglo XVIII, se basó en la exposición y disputas al estilo escolástico. Para salir de esa situación insostenible se planteó en 1770, durante el reinado de Carlos III, la reforma de los planes de estudios, que encontró una fuerte resistencia por parte de las universidadades. Durante la Ilustración, de acuerdo con el carácter centralizador defendido por la monarquía borbónica, se establecieron en Madrid nuevos centros donde la investigación y la docencia especializada empezaban a compartir espacio; es el caso del Gabinete de Historia Natural (1771), del Real Jardín Botánico (1755) y del Real Observatorio de Madrid (1790).
El estallido de la Revolución francesa (1789), la posterior inestabilidad política y social, que culminó con la Guerra de la Independencia y el periodo absolutista, determinaron la extinción de las ideas reformistas ilustradas.