El Archivo General es el órgano encargado de gestionar el patrimonio documental de la Universidad, cumpliendo con una doble función cultural y administrativa. Se integra en la Dirección del Archivo General y Protección de Datos, dependiente de la Secretaría General.
Forman parte del patrimonio documental de la Universidad Complutense de Madrid todos los documentos que ésta produce o recibe por cualquier medio, independientemente de su antigüedad, de su soporte o de la ubicación que éstos tengan. Dicho patrimonio se encuentra sometido al Estatuto de la Universidad Complutense, al Reglamento del Archivo General de la UCM y a la legislación tanto autonómica como estatal en materia de archivos.
En consecuencia, el AGUCM custodia no sólo la documentación de la UCM propiamente dicha, sino también de las instituciones que la han precedido (Universidad Central, Universidad Literaria de Madrid, Universidad de Alcalá) y de las que, de un modo u otro, se han acabado integrando en ellas: el Colegio Imperial, las escuelas normales y de magisterio, o varias escuelas profesionales y especiales.
La Universidad Complutense de Madrid es la heredera de la antigua Universidad de Alcalá de Henares, fundada mediante Bula de 1499 por el Cardenal Cisneros e inaugurada en 1508. Tras algunos intentos previos, en 1836 se trasladó a Madrid y ya desde ese momento consta la existencia de un archivo dependiente de la Secretaría General, que permanecería al menos hasta 1917. Desde ese momento y hasta 1964 no encontramos referencias explícitas al archivo, aunque sin duda siguió funcionando.
Sin embargo, en esta época consta la división entre "archivo histórico" dependiente de la Biblioteca Universitaria y "archivo administrativo", ligado siempre, en última instancia, a la Secretaría General. Así se mantuvo hasta 2004, año en que el Archivo General (AGUCM) se configura como un archivo único, sea cual sea la antigüedad de los documentos, y como un servicio administrativo más, de carácter transversal, dependiendo siempre de los órganos rectores de la Universidad a través de la Secretaría General.
En la actualidad, el AGUCM es un centro moderno, con un lugar propio dentro de la organización de la Universidad Complutense de Madrid. Está compuesto por una pequeña red de archivos, integrados en una dirección única. Por un lado, los archivos centrales, encargados de gestionar la documentación relativamente reciente y todavía cercana a las oficinas que la generaron. Por otro lado, el Archivo Intermedio e Histórico, responsable de la custodia y el tratamiento de la documentación de valor permanente. Así, en su conjunto el AGUCM aparece como el auténtico gestor de la memoria de la Universidad Complutense en sus siete siglos de historia.