El Departamento de Microbiología II ha sido el núcleo de creación de los CAIs de Citometría de Flujo y Confocal y de Secuenciación Automatizada de DNA.
En la actualidad, el Centro de Genómica y Proteómica, dependiente de la UCM y del Parque Científico de Madrid, incluye dos unidades operativas dirigidas por profesores del Departamento: