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El museo consta de 1500 piezas aproximadamente y una colección de unos 800 cráneos. Los fondos están clasificados según la siguiente temática:
El origen del museo se inicia en 1980, cuando se crea el Laboratorio de Antropología en la Escuela de Medicina Legal y Forense, de la Facultad deMedicina de la UCM, al cargo del cual estaba el Dr. Reverte. A dicho laboratorio llegaron gran cantidad de materiales de diferente procedencia: juzgados, osarios de diversos puntos geográficos de la Península Ibérica, cátedras y colecciones particulares, sumándose también la Colección judicial de la Escuela de Medicina Legal de la Facultad de Medicina de San Carlos, antecedente del actual Museo. Todas estas piezas tenían un gran valor histórico y didáctico, y el Dr. Reverte empezó a mostrarlas al público.
En 1994, por Decreto Rectoral adquiere carácter oficial y la actual denominación.
En 2004 el Dr. Reverte abandonó definitivamente su puesto de director del museo, y pasó a ocuparse de éste el Dr. D. José Antonio Sánchez Sánchez, y se llevó a cabo una reforma y actualización museística de sus fondos. En julio del 2009 se reinauguró el museo.