En el informe emitido por el Director del Real Colegio, Don Antonio Gimbernat  en diciembre de 1794, se dice en uno de sus párrafos 

" La formación del gabinete anatómico y patológico, que se encargó muy estrechamente en las Ordenanzas, se halla muy adelantada, así en piezas naturales simples preparadas, como en artificiales de cera. De estas últimas se cuentan hoy 57, trabajadas todas superiormente bajo la inmediata y privativa inspección del Director Don Antonio de Gimbernat, a cuyo cargo se puso exclusivamente este ramo por orden de S. M.  

Entre ellas merecen especial atención la colección de las que representan los diversos estados de preñez desde la concepción hasta el parto, las varias posiciones del feto dentro de la matriz, y su comunicación con la madre: circunstancias todas esencialísimas para el acierto en la práctica de los partos, y que en esta colección se presentan de bulto y al natural. Para complemento de esta materia se están concluyendo en cera varias piezas que manifiestan los progresos del parto natural y todas las especies de los trabajos preternaturales, de manera que esta colección puede actualmente tener lugar entre las celebradas de Europa. 
Para que se multiplique la instrucción  y entre por los ojos la Anatomía, que es la primera base quirúrgica, se ha expuesto al uso público de cuantos concurren al Colegio un pliego entero de estampas anatómicas iluminadas, guarnecidas por marcos y acompañadas de explicaciones impresas en castellano, por cuyo medio puede aprenderse y repasarse la Anatomía, aún en las estaciones del año que imposibilitan la disección." 
 

En 1799  (12 de marzo) se constituye el antecedente inmediato de la actual Facultad de Medicina de nuestra Universidad, al fusionarse  el Colegio de Cirugía y el de Medicina Práctica, creándose, el 20 de abril, la Junta de Gobierno de la Facultad Reunida. Diversos avatares  concurrieron en la recién creada Facultad, motivados muchos de ellos por el desventurado reinado de Carlos IV, ocupación francesa e inicio del reinado de Fernando VII, pero en todo este periodo siempre ha habido mención en las distintas disposiciones al uso del contenido y fondos económicos del Gabinete Anatómico, como lo demuestra  la referencia que de él se hace en la Real Cédula de 1828 destinada a regular el régimen y gobierno de los Colegios de Medicina y Cirugía. 
 

Para la realización de las primeras figuras del Gabinete se contó con la dirección de Ignacio Lacaba, primero como encargado de disección  y luego como Catedrático de Anatomía. Bajo su dirección trabajaron dos escultores: Juan Cháez y el italiano Franceschi, discípulo de Fontana, especializados en hacer figuras de cera y a quienes se atribuye la figura en cera de una embarazada a término que existe en el museo. A esta figura es a la que se refiere Lacaba en su "Curso completo de Anatomía del cuerpo humano", publicado con Bonells en 1796. 
En este tratado viene descrita la técnica de la realización de las figuras en cera. Todas, o la mayor parte de ellas, están todavía en el museo adscrito al Departamento de Anatomía y Embriología Humana I. 
 

En 1840 un nuevo decreto implanta la norma de dejar para los fondos del Museo Anatómico las piezas de disección cadavérica interesantes por su rareza o dificultad. Esto fue el motivo de que ambas Cátedras de Anatomía, la segunda  creada en 1847, tuvieran dotaciones específicas destinadas a los museos. El nombramiento de Pedro González de Velasco como Director del Museo Anatómico en 1857 hizo que el museo alcanzase su época de mayor esplendor, pues no sólo se restauraron las figuras de cera, sino que se produjeron piezas naturales procedentes de la sala de disección, creándose también una excelente osteoteca. De su época existen dos esqueletos perfectamente conservados, uno denominado el Gigante Extremeño, de quien se dice fue comprado por Velasco  en vida  y el de un granadero francés, muerto posiblemente por una intoxicación de sales mercuriales, cuyos restos impregnan el esqueleto. 
 

 En 1876 y bajo el Decanato de Julián Calleja, Catedrático de Anatomía, se abren, de forma gratuita, los Museos a los estudiantes de la Facultad. Calleja en su informe del año 1876 describe cómo está organizado el Departamento Anatómico: " Este Departamento consta de las siguientes secciones: 1ª de disección; 2ª de maceración y desecación; 3º de escultura y pintura; 4ª de armadura y montaje; y 5ª de museos." 
En el apartado dedicado a esta última sección comenta: "Hay dos, uno formado por piezas naturales y otro por piezas artificiales...", y en lo que hace referencia al museo natural, subdividido en 18 secciones, escribe:  “Entre todas estas secciones contienen más del mil ejemplares, de los que merecen fijar la atención (...) y algunos cadáveres momificados, en quienes aparecen transpuestas las vísceras torácicas y abdominales". 
 

Cuando se refiere al museo artificial, al que también subdivide en 18 secciones, cita: “ (...) entre todas estas secciones existen prácticamente ochocientos ejemplares, construídos en diferentes materias, sobre todo de cera, de cartón piedra y escayola fina (realizadas por Díaz Benito) preparaciones de loza (realizadas por Fernández Losada); los hay procedentes de Francia y Alemania, pero el mayor número de ejemplares son nacionales, construídos en los laboratorios y talleres de esta Facultad. La colección de piezas (...) puede competir con las mejores de todos los países, mereciendo especialísima mención la representación del simpático mayor, cuatro estatuas de tamaño natural que representan todos los huesos, articulaciones, músculos y arterias, y la preciosa sección de partos naturales." 

Además de estos museos había otro llamado Iconográfico al que también hace referencia Calleja "Contiene mil y cien láminas, colocadas en cuadros de cristales, formando los grupos siguientes: Osteología , Sindesmología, Miología, Neurología, Angiología, Esplacnología, ..." 
 

En 1885 Oloriz Aguilera funda el Museo Antropológico de la Facultad de Medicina, donde deposita su colección de cráneos que había iniciado en 1884 con 14 piezas y que llegó a contar con 2250 ejemplares, la mayoría de estos cráneos tenían su filiación escrita en ellos y los datos más sobresalientes en una ficha en la que se hacía constar todos los datos pertinentes. Este Museo fue instalado en 1893 en el antiguo Salón de Actos de la Facultad por Calleja. Los cráneos de este Museo según las informaciones recogidas fueron fragmentados en tres partes cuando la Facultad de Medicina se traslada a la Ciudad Universitaria, repartiéndose de forma desigual entre las dos Cátedras de Anatomía y la de Medicina Legal y Forense. 
 

Con posterioridad todos los Catedráticos que han desempeñado la titularidad de cualquiera de las Cátedras han contribuído al engrandecimiento del Museo, básicamente a través de preparaciones anatómicas de piezas cadavéricas realizadas por ellos o por sus colaboradores. Así,  Julián de la Villa amplía el Museo fundamentalmente en la sección de osteoteca, no sólo humana, sino también animal; Pedro Ara dejó algunas disecciones del sistema de conducción cardiaco; Mezquita trabajó fundamentalmente en reproducciones de huesos, tanto en escayola, como en madera, así como en reproducciones de algunas regiones anatómicas; Orts Llorca dejó disecciones de diferentes Nervios Craneales; Gómez Oliveros preparaciones de panorganografía (corazón, laringe, etc.) y de corrosiones vasculares de órganos y fetos. 

En los últimos años, el futuro del museo hubiera sido muy incierto de no mediar la abnegada labor y el esfuerzo constante, aunque no siempre correspondido, de su Director y Catedrático de Anatomía y Embriología Humana el Prof. Puerta Fonollá, quien hasta su imprevisto fallecimiento mantuvo la ilusión por conseguir que el estado del museo estuviera a la altura de sus fondos. 

El Museo, en la actualidad y en lo que hace referencia a lo que está adscrito al Departamento de Anatomía y Embriología Humana I, está constituído fundamentalmente por las preparaciones de cera del Siglo XVIII, las preparaciones en escayola y cartón piedra, así como preparaciones momificadas o semiartificiales de regiones anatómicas, más 1000 cráneos de la colección Oloriz, colecciones de fetos malformados humanos y de animales, disecciones de distintas regiones del cuerpo humano, colecciones de huesos del cráneo y de la cara de distintas fases de la vida y colecciones de láminas anatómicas. Además el Departamento es depositario de las primitivas mesas del Gran Anfiteatro y de disección del primitivo San Carlos, algunas labradas con el nombre del profesor que disecó en ellas y distinto material como el carro de transporte de cadáveres a las aulas para explicar en ellas sobre un cadáver disecado, las bombas de inyección de cadáveres, el torno utilizado en la preparación de reproducciones anatómicas óseas en madera, y un antiguo horno de cremación de restos. 
 

En la actualidad se está procediendo al inventario y restauración de todas las piezas existentes en el mismo o en los depósitos del Departamento. 
Esta actuación se esta haciendo gracias a las ayudas facilitadas por el Consejo Social de la Universidad Complutense,  la Consejería de Educación de la Comunidad Autónoma de Madrid y el decidido apoyo del Vicerrectorado de Extensión Universitaria, a través de la sección de Museos y Patrimonio del Rectorado de la Universidad Complutense de Madrid. 
 

 
Esta actuación es perentoria puesto que el Museo figura en todas las guías nacionales e internacionales de Madrid, así como en el Catálogo Internacional de Museos Científicos.

Alzado del Real Colegio de Cirugía de San Carlos

Antonio Gimbernat  

Embarazada a término. Figura de Cera. Atribuida a Juan Cháez y Franceschi bajo la dirección de Lacaba    

Esqueletos del "Gigante Extremeño" y del "granadero francés".

Colección de ceras. Fotografía: Rosamond Purcell, 1993.

Colección de escayolas: Reconstrucción en escayola de la división de la aorta abdominal y la constitución de la vena cava inferior.

Colección de carton-piedra. Fotografía: Rosamond Purcell, 1993.

Colección de fetos: Peaceful baby in bottle. Fotografía: Rosamond Purcell, 1993. (Suspended Animation - Six Essays on preservation of bodily parts. González-Crussi. Ed. Hartcourt Brace).

Colección Olorizs: Skulls behind glass in sunlight. Fotografía: Rosamond Purcell, 1993. (Suspended Animation - Six Essays on preservation of bodily parts. González-Crussi. Ed. Hartcourt Brace).

Corazón. Corte panorganográfico del corazón humano. Gómez Oliveros - Rhode.

Real Cédula de creación del Real Colegio de Cirugía de San Carlos.