A partir de un núcleo inicial, correspondiente a los materiales de laboratorio que Rafael Folch recuperó de la antigua Facultad de Farmacia, las colecciones del Museo se han ido formando a lo largo del siglo XX, procedentes de compras y donaciones. En el caso de las últimas, algunas son especialmente importantes por la calidad y cantidad de piezas, destacando el propio legado Folch y la antigua Farmacia de Sangarcía (Segovia), ingresada en su totalidad.
Además de las farmacias antiguas, los fondos del Museo pueden agruparse, atendiendo a su finalidad, en recipientes para la conservación de simples o preparados medicinales y utensilios relacionados con las fases de elaboración y administración de fármacos. El primer grupo recogería piezas como botes, orzas, redomas, vasos brocales o cajas de madera. Al segundo pertenecerían morteros, balanzas, unidades de medida para líquidos, recipientes para la elaboración de aguas minerales, botiquines o farmacias de viaje, así como una buena muestra de instrumental de laboratorio utilizado en las prácticas destilatorias.
Por la cantidad y calidad de las piezas, las colecciones más destacadas son:
Farmacias Antiguas
Cerámica y Porcelana Cajas y Botiquines Vidrio y Cristal Instrumental Científico Balanzas y Granatarios Morteros Colección de Medicamentos
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