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Antes de resolver la secuencia del segmento de ADN problema es conveniente repasar el método de Sanger, Método Enzimático de Terminación de Cadena o Dideoxi.
Dicho método esta basado en la utilización de nucleótidos Dideoxi que cuando se incorporan al ADN de nueva síntesis provocan la terminación de la hélice o cadena. Una vez repasado dicho método podemos pasar a leer directamente la secuencia sobre la autorradiografía. Solamente es necesario recordar que debemos comenzar por la parte inferior del gel (la de los fragmentos más pequeños) correspondiente al extremo 5' de la hélice de nueva síntesis y terminar por la parte superior del gel (la de los fragmentos de mayor tamaño) correspondiente al extremo 3' (Esquema Método Dideoxi).
La secuencia obtenida sería la siguiente:
5' AAATCAATTCTGTGAACGATAATCCAGTCATTGATGTTGCCAGAGACAAAGCT 3'
Para resolver este apartado tenemos que considerar la secuencia de bases nitrogenadas de ambas hélices de ADN, la complementaria de nueva síntesis (ADN-C) y la hélice molde (ADN-M).
ADN-C 5' AAATCAATTCTGTGAACGATAATCCAGTCATTGATGTTGCCAGAGACAAAGCT 3'
ADN-M 3' TTTAGTTAAGACACTTGCTATTAGGTCAGTAACTACAACGCTCTCTGTTTCGA 5'
Además es necesario realizar la transcripción de ambas hélices y obtener los dos posibles ARN mensajeros, ARN-C y ARN-M.
ARN-C 3' UUUAGUUAAGACACUUGCUAUUAGGUCAGUAACUACAACGCUCUCUGUUUCGA 5'
ADN-C 5' AAATCAATTCTGTGAACGATAATCCAGTCATTGATGTTGCCAGAGACAAAGCT 3'
ADN-M 3' TTTAGTTAAGACACTTGCTATTAGGTCAGTAACTACAACGCTCTCTGTTTCGA 5'
ARN-M 5' AAAUCAAUUCUGUGAACGAUAAUCCAGUCAUUGAUGUUGCCAGAGACAAAGCU 3'
Una vez obtenidos ambos mensajeros y con ayuda del código genético podemos conseguir la secuencia de aminoácidos de los posibles polipéptidos sintetizados por dichos mensajeros. Para ello, debemos tener en cuenta que cada uno de los mensajeros tiene tres posibles marcos de lectura, dependiendo del ribonucleótido por el que iniciemos la traducción.
Comenzaremos por el ARN mensajero correspondiente a la hélice molde (ARN-M).La traducción del mensajero comienza por el extremo 5' que se corresponde con el extremo amino (NH2) del polipéptido.
ARN-M
5' AAA-UCA-AUU-CUG-UGA-ACG-AUA-AUC-CAG-UCA-UUG-AUG-UUG-CCA-GAG-ACA-AAG-CU 3'
Poli-1 NH2-Lys-Ser-Ile-Leu-COOH
Comenzando por la segunda Adenina
ARN-M
5' A-AAU-CAA-UUC-UGU-GAA-CGA-UAA-UCC-AGU-CAU-UGA-UGU-UGC-CAG-AGA-CAA-AGC-U 3'
Poli-2 NH2-Asn-Gln-Phe-Cys-Glu-Arg-COOH
Comenzando por la tercera Adenina
ARN-M
5' AA-AUC-AAU-UCU-GUG-AAC-GAU-AAU-CCA-GUC-AUU-GAU-GUU-GCC-AGA-GAC-AAA-GCU- 3'
Poli-3 NH2-Ile-Asn-Ser-Val-Asn-Asp-Asn-Pro-Val-Ile-Asp-Val-Ala-Arg-Gln-Ser-.....
Por último, realizaremos la traducción del mensajero correspondiente a la hélice de nueva síntesis, complementaria a la molde (ARN-C).
ARN-C 3' UUUAGUUAAGACACUUGCUAUUAGGUCAGUAACUACAACGCUCUCUGUUUCGA 5'
Para ello primero, colocaremos la secuencia del mensajero ARN-C en la dirección de traducción, es decir de 5' a 3'.
ARN-C 5' AGCUUUGUCUCUCCGCAACAUCAAUGACUGGAUUAUCGUUCACAGAAUUGAUUU 3'
Utilizando de nuevo el código genético y comenzando la traducción por el extremo 5' que se corresponde con el extremo amino (NH2) del polipéptido, se obtienen las siguientes secuencias de aminoácidos.
Comenzando por la primera Adenina
ARN-C
5' AGC-UUU-GUC-UCU-CCG-CAA-CAU-CAA-UGA-CUG-GAU-UAU-CGU-UCA-CAG-AAU-UGA-UUU- 3'
Poli-4 NH2-Ser-Phe-Val-Ser-Pro-Gln-His-Gln-COOH
Comenzando por la segunda Guanina
ARN-C
5' A-GCU-UUG-UCU-CUC-CGC-AAC-AUC-AAU-GAC-UGG-AUU-AUC-GUU-CAC-AGA-AUU-GAU-UU 3'
Poli-5 NH2-Ala-Leu-Ser-Leu-Arg-Asn-Ile-Asn-Asp-Trp-Ile-Ile-Val-His-Ag-Ile-Asp-.....
Comenzando por la tercera Citosina
ARN-C
5' AG-CUU-UGU-CUC-UCC-GCA-ACA-UCA-AUG-ACU-GGA-UUA-UCG-UUC-ACA-GAA-UUG-AUU-U 3'
Poli-6 NH2-Leu-Cys-Leu-Ser-Ala-Thr-Ser-Met-Thr-Gly-Leu-Ser-Phe-Thr-Glu-Leu-Ile-....
De los seis posibles ARN mensajeros, tres de ellos contienen tripletes de terminación, originando polipéptidos muy cortos, el Poli-1, Poli-2 y Poli-4. Los otros tres mensajeros no tienen tripletes de fin y dan lugar a polipéptidos (Poli-3, Poli-5 y Poli-6) que son bastante largos , y de ellos solamente el Poli-6 contiene un triplete de iniciación AUG.
