Fundado por Blas Lázaro e Ibiza en 1892. El núcleo central fue el Herbario de la Sociedad Linneana Matritensis, que a propuesta de Fausto Garagarza (catedrático de Técnicas físicas) se instaló en la Facultad de Farmacia en XII de 1892. Pronto se sumó a él la colección de plantas del P.A. Pourret (s. XVIII), heredado del Colegio de Farmacia de Santiago. A la muerte de B. Lázaro existia una estructura de 27 armarios en los cuales se habían incluido las colecciones de Marcelo Rivas Mateos, Máximo Laguna y José María Pérez Lara. Posteriormente se incluyeron las colecciones de los distintos profesores que ocuparon la cátedra entre los que se encuentran José Cuatrecasas y Manuel López Figueiras y algunas colecciones adquiridas por este, en particular los herbarios Touton y Huguet del Villar. Salvador Rivas Goday fue el responsable de la actual ubicación de las colecciones (100 armarios) y del notable incremento de aquellas mediante recolecciones e intercambio, entre sus colaboradores destaca José Borja. En 1970 el MAF se adscribe al Index Herbariorum y en 1993 participa activamente en la creación de la Asociación de Herbarios Ibero-macaronésicos (AHIM).