Escribir hipertexto trae también cambiosconceptuales. La ruptura de la linealidad y la autonomía de los lectores que propugna nos obligan a transformar conceptos básicos como la condición de texto o la relación autor-lector. El autor de hipertexto no sólo ha de preparar el camino para que el lector sea activo, sino que además pierde el control sobre su obra de un modo mucho más agudo que el escritor lineal. Si una obra impresa provoca innumerables reacciones de diverso signo, imaginemos lo que sucederá con los hipertextos si no se puede estar seguro de que dos lectores hayan leído el mismo texto físico.

Para nosotros, el cambio más significativo es la nueva preeminencia del pensamiento asociativo sobre el lógico (deductivo o inductivo) en la no-ficción, y sobre el temporal-causal (los pilares del desarrollo argumental) en la ficción.

Al olvidarse del argumento al estilo tradicional, la hiperficción se parece a los escritores "difíciles" de los que hablábamos al principio. Las nuevas necesidades organizativas determinan también el contenido de los hipertextos. Un escritor hipertextual no puede hacer una novela al uso, precisamente porque la esencia de la novela es espacio-temporal, un ir pasando páginas inevitable que hace que unas cosas sucedan antes y otras después. Las hiperficciones no pueden ser novelas, porque los espacios que las conforman han de poder ser leídos en más de un orden, incluso ha de preverse la posibilidad de que no se lean todos los espacios. Las hiperficciones que conocemos son en su mayoría prosa poética que prescinde de un argumento pero que mantiene constantes como los personajes.

El escritor de hipertexto ha de ejercitar su pensamiento asociativo, y esto no es fácil para nosotros, hijos de la imprenta, pues toda nuestra educación ha ido encaminada a potenciar el pensamiento lógico causal. Hemos de recuperar la facultad infantil de ir enlazando asuntos, de "desviarse del tema" dejando a la mente traer aquellas ideas que le apetezca traer, sin forzarla por una necesidad estricta de continuidad temática o temporal. Las asociaciones son a veces contradictorias en relación con el resto, también pueden aparecer enlazados puntos de vista opuestos o múltiples enfoques de lo mismo... Todo cabe en un hipertexto, y ni siquiera el autor tiene la última palabra.