A través de la Fundación Complutense se gestionan gran parte de los proyectos de investigación que se canalizan en la UCM: artículo 83 LOU; proyectos europeos; Fondo de Investigación Sanitaria de la Seguridad Social; convocatorias de la Comunidad de Madrid; programas I+D+I del Ministerio de Economía y Competitividad y los derivados de Convocatorias de Entidades Privadas.
